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匯算清繳早用于公司的企業所得稅申報中的，因為過去個稅征收采用的是分類征稅的方式，匯算清繳跟居民個人關聯不大。了保證稅款及時、均衡入庫，在實際工作中，一般采取分月、分季預繳稅款，年終匯算清繳，多退少補的征收辦法。
企業所得稅匯算清繳具體的操作流程
第一步：將企業填寫的年度企業所得稅納稅申報表及附表，與企業的利潤表、總賬、明細賬進行核對，審核賬賬、賬表是否一致
第二步：針對企業年度納稅申報表主表中“納稅調整事項明細表”進行重點審核，審核是以其所涉及的會計科目逐項進行，編制審核底稿
第三步：將審核結果與委托方交換意見，根據交換意見的結果決定出具何種報告，是年度企業所得稅匯算清繳鑒證報告還是咨詢報告，若是鑒證報告，其報告意見類型：無保留意見鑒定報告、保留意見鑒定報告、否定意見鑒定報告、無法表明意見鑒定報告。
2021年度企業所得稅匯算清繳五大注意問題
一、享受企業所得稅稅收優惠政策的企業需要備案嗎？
企業享受優惠事項的，應當在完成年度匯算清繳后，將留存備查資料歸類收集齊全，以備稅務機關核查。對于可以同時享受多項優惠政策的除了按規定分項目核算外，也要分別留存備查資料。
二、核定征收企業所得稅的企業可以享受小微企業稅收優惠政策嗎？季度預繳企業所得稅時可以享受小微企業稅收優惠政策嗎？
小型微利企業在預繳和匯算清繳企業所得稅時，通過填寫納稅申報表相關內容，即可享受小型微利企業所得稅減免政策。
三、關于疫情防控稅收減免政策中關于企業所得稅的相關優惠政策從什么時間開始執行？
自2020年1月1日起施行，截止日期視疫情情況另行公告。
四、疫情期間，公司在工作場所為員工配發的口罩、手套等防護用品支出，能否在企業所得稅稅前扣除？沒有發票可以稅前扣除嗎？
根據《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》（中華人民共和國國務院令第512號）第四十八條規定：“企業發生的合理的勞動保護支出，準予扣除?！?/span>
根據《國家稅務總局關于發布<企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2018年第28號）第九條規定：“企業在境內發生的支出項目屬于增值稅應稅項目(以下簡稱“應稅項目”)的，對方為已辦理稅務登記的增值稅納稅人，其支出以發票(包括按照規定由稅務機關代開的發票)作為稅前扣除憑證;對方為依法無需辦理稅務登記的單位或者從事小額零星經營業務的個人，其支出以稅務機關代開的發票或者收款憑證及內部憑證作為稅前扣除憑證，收款憑證應載明收款單位名稱、個人姓名及身份證號、支出項目、收款金額等相關信息。小額零星經營業務的判斷標準是個人從事應稅項目經營業務的銷售額不超過增值稅相關政策規定的起征點。稅務總局對應稅項目開具發票另有規定的，以規定的發票或者票據作為稅前扣除憑證?！?!--企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法-->
五、企業以前年度發生時應扣未扣支出應如何進行稅務處理？
根據《國家稅務總局關于企業所得稅應納稅所得額若干稅務處理問題的公告》(國家稅務總局公告2012年第15號)規定，對企業發現以前年度實際發生的、按照稅收規定應在企業所得稅前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企業做出專項申報及說明后，準予追補至該項目發生年度計算扣除，但追補確認期限不得超過5年。企業由于上述原因多繳的企業所得稅稅款，可以在追補確認年度企業所得稅應納稅款中抵扣，不足抵扣的，可以向以后年度遞延抵扣或申請退稅。虧損企業追補確認以前年度未在企業所得稅前扣除的支出，或盈利企業經過追補確認后出現虧損的，應首先調整該項支出所屬年度的虧損額，然后再按照彌補虧損的原則計算以后年度多繳的企業所得稅款，并按前款規定處理。
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